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如果您收到的短信只提到扣了3分，而没有明确提到罚款，但在交管12123应用上看到了罚款信息，可能存在以下几种情况。
1、短信和12123应用上的信息不同步：有时候系统信息可能会有延迟或不同步的情况，建议您先以交管12123应用上的信息为准。
2、罚款是后续产生的：虽然短信没有提到罚款，但如果您在之后的时间内违反了其他交通规则，那么有可能产生新的罚款信息。
3、系统误发短信：有时候系统会出现误发短信的情况，建议您仔细核对违章信息，确保信息准确性。
无论哪种情况，建议您先登录交管12123应用，查看具体的违章详情，包括违章时间、地点、原因等，以确认是否确实存在罚款，如果您对罚款信息存在疑问，您可以联系当地交警部门或交通管理部门进行咨询，他们会提供更准确的信息和解决方案。
及时处理交通违法记录是很重要的，避免因为延误处理而产生额外的罚款或影响您的驾驶记录。